進化合成是遊戲中另一種卡片的強化手段，進化後大部分會有更高的等級上限、HP與攻擊力提高（同等級時）、答題技能與特殊技能的翻新，可開啟的潛能數量亦會有所增加。在卡片進化到L階級後還附帶傳奇型態發動效果
進化合成時，需要花費金幣和其他作為素材的卡片，一次最多可以有 8 張卡片作為素材。之後會進入下一型態並將等級回歸至Lv. 1（僅極少數特例會維持Lv. Max的狀態）。
- 功能開啟：須完成任務【調查古代圖書館】。同步開啟【全國爭霸賽】。
進化素材[]
進化素材有分成一般進化素材以及指定進化素材。
主要為進化素材功能的卡片會有「進」字戳記，但並不代表沒有戳記的卡片就不能當作進化素材，不過無論何種卡片，一旦在進化合成頁面進入了進化素材欄，皆會被印上戳記。繁中版1.?.?更新後，戳記更改為繁中版本（之前是日文漢字寫法）。
每當可進化卡片拖到進化目標欄位時，你可以查看該卡片進化所需要的素材（至少需要一個，最多需要八個）。在繁中版的1.4.3更新後，點擊該素材會顯示可取得來源。（不過當時由於繁中版尚未將碰碰吉、彩花、精靈、狸貓開放絕級，所以這四個絕級曜日素材被整併到封魔級直到關卡開放）
進化素材會被自動取用，並且預設優先消耗保存在倉庫內的卡片才取用素材庫，此情形下請善用保護功能來讓系統取用正確的卡片；另一個方法則是將列表切換至素材庫頁籤，此時才會優先取用素材庫內的卡片。需注意的是，保管庫的卡片並不會被偵測到，因此也不會動到保管庫的卡片。
若是擁有相關素材卻無法使用，則可參照素材欄中的註記找出原因：
- 標上星號表示該卡片處於保護狀態，此時需先將進化目標欄中的卡片移除，才能對相關卡片解除保護。
- 標有「隊伍」二字表示該卡片目前於某個隊伍配置中，需先將其移除才能使用。
一般進化素材[]
指碰碰吉、彩花、蘑菇、神樹、狸貓、變幻龍這六大進化素材（詳見精靈圖鑑/進化素材），舊版的一般進化素材任務會隨著星期一至六全天開放，故又稱為曜日素材。舊版素材任務除變幻龍外，於星期一至五按照上述順序輪流開放，週六則開放變幻龍，同時加開9:00~24:00的輪替任務，將週一到週五的曜日素材每一個小時輪替一次，每一個任務皆可輪替三次。
- 曜日素材跟進化目標必為同屬性，不使用同屬性進化素材的卡片通常是活動用。
- 曜日進化素材自己也可以進化，但通常需要有一定份量同階級的自己來當進化素材。
在寄宿智慧的森林開放後，舊版的曜日素材任務被關閉，並將各素材關卡分屬性及分階級，開放時間也改以屬性為基準做輪替。
除了以下三項，御三家以外的一般卡片，在使用進化素材上並無特定規律：
- 每個進化階段皆需要不同階級的神樹。
- S(→S→S+)→SS：每個進化階段必定使用S+神樹，且進化成SS階級時所需的素材必為八張，其中神樹的數量與階級皆為固定配置。
- SS(→SS+)→L→LtoL：每個進化階段必定使用八張進化素材，且必使用變幻龍及神樹，且進化成L、LtoL階級時所需使用素材皆為固定配置。
指定進化素材[]
指定進化素材通常是活動卡片，需要使用自己或是指定卡片來進化之，一般與該卡片的相關副本有極大關聯。
本遊戲絕大部分的副本BOSS卡片的進化素材，皆為自身的最低階級卡片；少數卡片則需透過副本取得相關進化素材。無論是哪一種，此類型一旦相關副本關閉即無法取得進化素材，因此須注意副本的關閉時間。
在此枚舉一些特殊案例：
- No. 474 褐色的佩特拉：珍妮佛的冒險是繁中版第一個任務，所以此卡為第一張需要蒐集自己來進化的活動卡片，但當時No. 475往上進化到No. 476時需要兩張No. 474，No. 476往上進化到No. 477時需要三張。（2017/4/11 修正為都只需要一張即可進化）
- No. 1429 陷入嫉妒的魔女 帕查：巧克力森林是繁中版第一次出現有分歧進化卡片的任務，這張卡片在使用自己進化兩次後，需改將指定兩種物品（招來嫉妒香水、憎恨愛情香水）作為進化主體，使需要進化的卡片本身作為進化素材的形式進化，分別進化成 No. 1432 豔羨狂氣 帕查‧梅蕾拉娜、No. 1433 憎恨愛情的麗魔 帕查‧梅蕾拉娜。雖然是作為進化素材，但潛能解放數量保留，日後有分歧進化的卡片亦為相同設定。在2014年8月19日復刻時追加SS進化，兩張卡互為進化素材，但此時作為素材的卡片其潛能解放數量不會保留，需多多注意。（編按：日版已開放L進化型，仍舊設定前期最終進化型互為進化素材）
- No. 1231 火龍 伊格尼特、No. 1234 冰龍 布拉姆德、No. 1237 金雷纏身龍 瓦伊凡：神龍降臨！是繁中版第一個出現複合型進化鏈的任務，首先No. 1231跟No. 1234不管是誰當進化目標、誰當進化素材，都會進化成 No. 1240 黑雷纏身的邪龍 德古瑪，接下來就是與No. 1237進化上來的 No. 1239 司雷龍帝 瓦伊凡互為進化目標或進化素材，這個副本曾傳出不少進化目標和進化素材搞混的慘淡案例，也讓不少玩家重視了保護的重要性。過了這次進化就變成使用曜日進化素材進化的卡片，在此就不額外贅述。
- No. 413 未來少女 安：電子☆驚魂是繁中版第一個「活動卡需要使用道中小怪作為素材進化」的活動，而且連小怪的進化都是以最低階道中小怪作為素材。
- No. 800014 馬來貘圓仔大和解(偽)：來者何貘：黑與白的激戰是繁中版第一個轉蛋卡片需要使用活動卡片作為進化素材的任務，雖然活動卡仍然使用自己作為進化素材進化，但轉蛋卡用活動卡作為素材也使那些持有該轉蛋卡的玩家必須要湊出一個可以打活動的隊伍。
- No. 1729 受到封印的魔神 阿斯莫德烏斯：Demon's Blader是繁中版第一個活動卡片需要使用同進化型態的自己來進化的任務（一般的活動很多都只要最初進化型態即可），所以要練好一張活動卡片到SS階級需要16張最初進化型態（含進化目標）。含此卡在內，日後的Blader系列、AbCd系列、Orlha Report系列皆採用了相同的設定，且當新的進化型態開放時，仍舊按此慣例，使得部分卡片進化到最終進化型所需要的（最初進化型）卡片達64張之多。
- 類似的案例尚有異界神的祝福試煉復刻時，副本卡片因應復刻的進化開放，但僅要求上一期滿進化型態的卡片再使用同進化型態的自己進化。
- No. 2169 嬌小幼龍 阿尼瑪：神龍降臨Ⅱ是繁中版第一個將活動卡片的進化素材設定成「活動各關卡BOSS的最終進化型」的任務（與劇情相符），而在其續集心龍天翔中，同一名角色的新卡片依然如此設定（但此次本設定與劇情無太大關連性，似乎已成為角色特色）。
- No. 2759 逃避少女 雀兒喜：從天而降的異界公主的贈送卡片是繁中版第一個出現循環進化鏈的卡片。從S階級進化至SS階級的進化方式與分歧進化的設定相同，是以進化道具作為主體，卡片本身作為素材的方式選擇進化型態，而三個SS階級之間的相互轉換，則按一定規律將道具作為素材進化。復刻時開放了新的進化型，並增加了光、闇屬性，素材則設定為SS變幻龍，6種型態的循環進化也是目前最複雜的循環進化鏈。
- 所需的三樣進化道具，日版當初必須從主線寶箱獲得（與劇情有關），繁中版則在相關副本首次開放時直接贈送1套，但相對無法無限取得，使得繁中版當時無法無限制的進行循環進化。
- No. 800188 神秘變化 天相星‧甄巧、No. 800189 天相星‧甄巧：星耀學園‧遺願的繼承的轉蛋卡，進化方式是讓雙方作為彼此的進化素材，各自進化成不同的兩張卡：No. 800190 神行百變的正義使 甄巧、No. 800191 星耀戰士的傳說 甄巧。此種進化方式造成了極大的爭議，而當時普遍被玩家詬病的狀況有：
- 只抽到其中一種版本的玩家，無法將手上的卡片進化
- 抽到兩種版本的玩家，想要進化必需犧牲另一張卡來進化
- 想要集滿兩種進化型態必須要至少抽到兩組
卡片進化型態之路徑、花費[]
活動卡的進化流程比較複雜（請參考上面舉例），所以這裡講述一些非特例的進化途徑（待補充）
- 七種進化型態（例如：A→A+→S→S+→SS→L→LtoL）
- 六種進化型態（例如：B→B+→A→S→SS→L）
- 五種進化型態（例如：A→A→A+→S→SS、A→A+→S→S+→SS、B→A→A→S→SS）
- 四種進化型態（例如：A→A→A+→S、S→S→S+→SS）
- 三種進化型態
- 二種進化型態
花費的金幣數量在同Rank的狀況下貌似有相同金額的跡象，不過實際需求仍以遊戲中撰寫的紀錄為準，wiki這邊也善盡紀錄作為參考
潛在能力與進化問題[]
可先參考潛在能力中的強化合成部分，基本路徑進化的卡片不會有進化後潛能消失的問題。
但是活動卡片因為路徑並非單一直線的問題，所以請掌握以下要點來實施進化
- 進化目標的潛能不會在進化後消失，進化素材的潛在能力不會附加在進化目標，也不會幫進化目標增加潛在能力，這點在互為進化目標與進化素材的時候也適用。
- 使用特定道具為主體的分歧進化，該卡片在進化後需要當成進化素材時，進化後潛能會繼承。